Secondo quanto risulta dagli atti notificati dalla procura di Napoli al presidente Bassolino, gli inquirenti stanno indagando sulla ipotesi di violazione delle norme in materia di appalti pubblici relativi alla transazione - avvenuta nel dicembre 2007 - tra commissariato bonifiche, commissariato rifiuti e società Jacorossi.
Dal punto di vista normativo, va specificato che l'ordinanza del presidente del Consiglio dei ministri num. 3619 del 5 ottobre 2007 ha espressamente conferito alle strutture commissariali poteri straordinari, che erano indispensabili per la sottoscrizione della transazione. L'ordinanza fu approvata infatti dal presidente del Consiglio dei ministri proprio per consentire la prosecuzione delle bonifiche, già affidate alla Jacorossi.
Con un'ulteriore ordinanza - sempre dell'ottobre 2007 - il presidente del consiglio ha dato la propria intesa al commissariato bonifiche sullo schema di atto transattivo, in seguito anche al parere positivo dell'avvocatura dello Stato. I successivi provvedimenti dei commissariati rifiuti e bonifiche per definire la transazione con Jacorossi hanno dunque attuato la volontà governativa.
Va inoltre precisato che il commissario alle bonifiche Bassolino non ha sottoscritto alcuno degli atti con cui sono state eseguite le determinazioni del presidente del Consiglio dei ministri. Inoltre la giunta regionale si è limitata ad approvare lo schema di atto transattivo solo dopo che lo stesso era stato già approvato dalle strutture governative.